吉林市明清造船厂遗址博物馆为遗址类博物馆，遗址的两处摩崖石刻是全国重点文物保护单位，是吉林省首批爱国主义教育基地，被国家文物局纳入《第一批古代名碑名刻文物名录》，是吉林省内唯一的明代摩崖石刻，是吉林省青少年爱国主义教育基地，是吉林市历史文化名城的重要支撑点，是研究明朝经略东北的重要实物资料，两处石刻和永宁寺碑、重建永宁寺碑为姊妹碑，证明了明初东北地区及黑龙江下游、库页岛就是中国的领土，具有较深远的政治意义。

基地陈列展览共分三个部分，分别是明代船厂、清代船厂、船厂与吉林城，详实的介绍了明代东北地区的设治、刘清领军造船的经历、明代吉林船厂所造船只的规制、吉林船厂为经营东北亚丝绸之路及传播中华文明所做出的贡献、清代吉林设治、宁古塔将军移驻吉林城、吉林城的修建、雅克萨之战吉林船厂的作用等内容。基地自成立以来依托优质的历史文化资源组织开展爱国主义教育相关活动，引导广大人民群众了解我国的优秀历史文化，帮助他们树立民族自尊心和自信心，树立对自己祖国的高度责任感和祖国利益高于—切的思想，培养为祖国、为人民勇于献身的精神。